วัดเจ็ดยอด เป็นวัดที่ได้รับการบูรณปฏิสังขรณ์จากซากวัดโบราณ ซึ่งไม่มีหลักฐานทั้งชื่อเดิม ผู้สร้างและเวลาที่สร้าง แต่เชื่อกันว่าจะเก่าแก่ถึงสมัยอาณาจักรล้านนา เพราะบริเวณใกล้เคียงมีวัดที่สร้างตั้งแต่สมัยพระยามังรายครองเมืองเชียงราย หลังทรงสร้างเมืองเชียงรายเมื่อ พ.ศ. ๑๘๐๕ มีวัดดอยทอง วัดงำเมือง วัดพระแก้ว และวัดพระสิงห์ เป็นต้น

เมื่ออาณาจักรล้านนาเสื่อมลง ต้องตกอยู่ในอำนาจพม่ากว่า ๒๐๐ ปี โดยมีบางยุคสมัยที่พระมหากษัตริย์อยุธยา ธนบุรี และรัตนโกสินทร์กรีธาทัพไปขับไล่พม่าออกไป แต่ก็ยังไม่สามารถรักษาอาณาจักรล้านนาไว้ได้ตลอด เมืองเชียงรายและเมืองเชียวแสนถูกทิ้งไว้ให้รกร้างเป็นเวลานาน จนถึงรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๓ พม่าไม่อาจมารุกรานดินแดนทางเหนือของประเทศไทยได้แล้ว เพราะมีปัญหาจากการรุกรานของอังกฤษ     ใน พ.ศ. ๒๓๘๖ พระเจ้ามโหตรประเทศ พระเจ้าเชียงใหม่จึงโปรดให้เจ้าจากราชวงศ์เชียงใหม่นำราษฎรเชียงใหม่ ลำพูน ลำปาง เดือนทางมาสร้างบ้างแปงเมืองเชียงราย เชียงแสน ให้กลับเจริญรุ่งเรืองดังเดิม

วัดที่ได้รับการบูรณปฏิสังขรณ์ในครั้งนั้นมีวัดเจ็ดยอดด้วย ในการแผ้วถางพื้นที่ได้พบซากวัดเก่า มีแนวกำแพง ฐานวิหาร ฐานเจดีย์ ปรากฏเป็นพระธาตุ ๗ องค์ทั้งองค์ใหญ่และ     องค์เล็กซึ่งอยู่ในสภาพชำรุดผุผัง พระครูบาคันธะคนฺธวํโส พระภิกษุที่ร่วมเดินทางมาด้วย        จึงชักชวนชาวบ้านให้ช่วยกันบูรณะวัดนั้นเป็นวัดประจำหมู่บ้าน หมู่บ้านนั้นจึงชื่อ บ้านเจ็ดยอด ตั้งแต่ พ.ศ. ๒๓๘๗ แต่บางตำนานจากประวัติศาสตร์บอกเล่าสืบต่อกันมาก็ว่า บริเวณนั้นมี     วัดร้างถึง   ๗ วัด พระครูบาคันธะไม่สามารถดูแลได้ทั่วถึงจังนำมารวมกันสร้างเป็นวัดเดียว และสร้างพระธาตุเจดีย์เจ็ดยอดพร้อมทั้งให้ชื่อวัดเจ็ดยอด ตามชื่อวัดโพธารามหรือวัดเจ็ดยอดที่   นครเชียงใหม่ ซึ่งเป็นวัดที่พระเจ้าติโลกราชทรงอุปถัมภ์ให้เป็นสถานที่สังคายนาพระไตรปิฏก ครั้งที่ ๘ เมื่อ พ.ศ. ๒๐๒๐

เจดีย์เจ็ดยอด ลักษณะคล้ายกับมหาวิหารโพธิที่พุทธคยาในประเทศอินเดีย ที่ฐานเจดีย์ประดับปูนปั้นรูปเทวดา ด้านนอกพระเจดีย์ก็เช่นกันประดับงานปูนปั้นรูปเทวดาทั้งนั่งขัดสมาธิและยืนทรงเครื่องที่มีลวดลายต่างกันไปดูงามน่าชม สถูปเจดีย์พระเจ้าติโลกราช เมื่อพระเจ้าติโลกราชสวรรคตในปี พ.ศ.2030 พระยอดเชียงราย ราชนัดดาได้สืบราชสมบัติแทน และโปรดให้สร้างสถูปใหญ่บรรจุอัฐิของพระอัยกาธิราช และ สัตตมหาสถาน คือสถานที่สำคัญในพุทธประวัติเจ็ดแห่ง ได้แก่ โพธิบัลลังก์ อนิมิตเจดีย์ รัตนจงกรมเจดีย์ รัตนฆรเจดีย์ อชปาลนิโครธเจดีย์ ราชายตนเจดีย์ ปัจจุบันเหลืออยู่ที่วัดเจ็ดยอดเพียงสามแห่ง คือ อนิมิตเจดีย์ รัตนฆรเจดีย์ มุจจลินทเจดีย์

วัดนี้เป็นที่ที่มีความสำคัญทางประวัติศาสตร์คือในรัชสมัยพระยาติโลกราชพระพุทธศาสนาเจริญรุ่งเรืองมาก ทรงสนับสนุนคณะสงฆ์นิกายสิงหล (ลังกาวงศ์) ทรงส่งเสริมการเล่าเรียนทางด้านปริยัติธรรม ทำให้ภิกษุล้านนามีความเชี่ยวชาญภาษาบาลี และในปีพ.ศ. 2020 โปรดให้ประชุมพระเถระชั้นผู้ใหญ่เพื่อชำระพระไตรปิฎก ณ วัดโพธารามมหาวิหาร (วัดเจ็ดยอดในปัจจุบัน) ใช้เวลา 1 ปีจึงเสร็จ นับเป็นการสังคายนาพระไตรปิฎกครั้งที่ 8 ของโลก เป็นครั้งแรกของไทย และถือเป็นหลักปฏิบัติของสงฆ์ในล้านนา